Dvojmolekulárna destilácia má mnoho výhod, ktoré ju robia neoceniteľným nástrojom v rôznych odvetviach. Schopnosť systému pracovať pri výrazne nižších teplotách ako tradičné destilačné metódy pomáha zachovať kvalitu tepelne citlivých materiálov, zabraňuje ich degradácii a udržiava účinnosť výrobku. Dvojstupňový proces zabezpečuje mimoriadne vysokú úroveň čistoty, pričom často dosahuje mieru separácie nad 99%. Táto technológia výrazne skráti čas spracovania v porovnaní s konvenčnými metódami, čo vedie k zvýšeniu produktivity a zníženiu prevádzkových nákladov. Konštrukcia uzavretého systému minimalizuje vystavenie kyslíku a svetlu, čím sa chránia citlivé zlúčeniny pred oxidáciou a degradáciou. Tento proces nevyžaduje žiadne ďalšie rozpúšťadlá, čo ho robí šetrným k životnému prostrediu a eliminuje potrebu ďalších krokov odstraňovania rozpúšťadiel. Presnosť regulácie teploty umožňuje selektívne oddelenie zlúčenín s podobnými teplotami varu, čo je obzvlášť výhodné pri práci so zložitými zmesami. Automatizovaná prevádzka znižuje pracovnú silu a zároveň zabezpečuje konzistentnú kvalitu výrobku. Schopnosť systému nepretržite pracovať umožňuje vyššiu výkonnosť a efektívnejšie plánovanie výroby. Energetická účinnosť je ďalšou kľúčovou výhodou, pretože podmienky vákuumu znižujú energetické požiadavky na separáciu. Vďaka univerzálnosti technológie môže manipulovať s rôznymi krmivami, od farmaceutických výrobkov po potraviny, s minimálnymi úpravami.